Według projektu ustawy, celem komisji ma być wyjaśnienie przypadków wykorzystywania seksualnego małoletnich we wszystkich środowiskach społecznych. Przedmiotem jej zainteresowania będzie także identyfikacja zaniedbań i zaniechań organów państwa, a także organizacji pozarządowych, podmiotów i instytucji prowadzących działalność edukacyjną, wychowawczą, opiekuńczą, kulturalną i związaną z kulturą fizyczną, wypoczynkiem i leczeniem, a także samorządów zawodowych, Kościołów oraz związków wyznaniowych, w tym kościelnych osób prawnych, oraz osób prywatnych w zakresie wyjaśniania przypadków nadużyć seksualnych.

Komisja docelowo ma być siedmioosobowa, jej członkowie mieliby być wybierani przez Sejm, Senat, prezydenta, szefa rządu i Rzecznika Praw Dziecka. Ma zajmować się badaniem przypadków pedofilii, wydawać postanowienia o wpisie do Rejestru Sprawców Przestępstw na Tle Seksualnym, a także kierować zawiadomienia do prokuratury o podejrzeniu popełnienia przestępstwa.

Krytyczną opinię prawną wobec założeń projektu wydał Sąd Najwyższy. Zdaniem SN, projekt ustanawia nieznaną do tej pory w polskim ustawodawstwie instytucję o kompetencjach quasi-sądowych, kontrolnych i analitycznych. Ma ona być czymś pomiędzy komisją śledczą, organem orzekającym i instytucją badawczo-edukacyjną.

Najważniejszą funkcją komisji ma być wydawanie postanowień o wpisie do Rejestru Sprawców Przestępstw na tle Seksualnym. Miałaby zostać utworzona nowa, odrębna część Rejestru, do której miałyby być wpisywanie osoby, co do których nie można prowadzić postępowania, gdyż upływ terminu przedawnienia sprawy.

W takiej sytuacji komisja miałaby przejmować wyjaśnienie sprawy i jako organ quasi-sądowy decydować, czy do wykorzystania seksualnego doszło i kto był jego sprawcą. W razie stwierdzenia sprawstwa informacja o tym miałaby być ujawniana w jawnej części rejestru.

Zdaniem SN, takie ustalenie uprawnień komisji stoi w sprzeczności ze standardami praw człowieka zapisanymi w Europejskiej Konwencji Praw Człowieka i w Konstytucji RP. Złamana zostałaby przede wszystkim zasada domniemania niewinności: bez prawomocnego wyroku osoba wskazana jako sprawca wykorzystania seksualnego małoletniego "byłaby przez niesądowy organ państwa uznawana w trybie zbliżonym do postępowania administracyjnego za winną popełnienia przestępstwa, pomimo wcześniejszego prawomocnego postanowienia o odmowie wszczęcia lub umorzeniu postępowania karnego".

W opinii SN, jeśli już autorzy ustawy dążą do uniknięcia bezkarności sprawców przestępstw seksualnych wobec osób małoletnich ze względu na upływ czasu - co samo w sobie jest oczywiście uzasadnione - to powinni raczej rozważyć wprowadzenie zmian w kodeksie karnym odnośnie do zakresu przedawnienia lub całkowicie znieść przedawnienie ścigania niektórych przestępstw seksualnych oraz pozostawić tę materię organom ścigania i wymiaru sprawiedliwości.

Biuro Studiów i Analiz Sądu Najwyższego, które wydało opinię prawną, obawia się ponadto, że członkowie komisji mogą nie mieć wystarczającego przygotowania merytorycznego do "orzekania w trudnych niejednokrotnie stanach faktycznych i prawnych". Jedynym bowiem wymogiem merytorycznym wobec członków komisji jest posiadanie wyższego wykształcenia prawniczego, medycznego lub psychologicznego.

"Co musi zaskakiwać, nie sformułowano wymogu posiadania doświadczenia w omawianym obszarze czy stażu pracy na stanowisku związanym z materią objętą zakresem ustawy. W tej sytuacji wyrażone w uzasadnieniu Projektu przekonanie, że sposób zgłaszania kandydatów zapewni ich wysokie kompetencje, jawi się jako nadmiernie optymistyczne" - czytamy w opinii Sądu Najwyższego.

W uzasadnieniu projektu, zdaniem SN, nie udowodniono ponadto, że kompetencje już istniejących organów postępowania karnego, czyli prokuratury i sądów, w kwestii prowadzenia spraw z art. 240 k.k. i kontroli nad ich prawidłowym sprawowaniem, są niewystarczające i dlatego powinna zostać utworzona państwowa komisja.

W tym zakresie istnieją przecież odpowiednie uprawnienia zarówno prokuratury, jak i takich organów kontrolnych jak Rzecznik Praw Obywatelskich i Rzecznik Praw Dziecka.