Podczas ostatniej, jak miało się okazać, pielgrzymki do Polski, w 2002 r., papież „pożegnał się” z drogimi mu miejscami z młodości. Przejechał obok domu przy Tynieckiej, gdzie mieszkał wraz z ojcem po przyjeździe do Krakowa, przed kościołem św. Floriana, gdzie był duszpasterzem młodzieży, ponadto nawiedził grób rodziców, opactwo w Tyńcu i klasztor kamedułów na krakowskich Bielanach. Papieski helikopter przeleciał nad rodzinnymi Wadowicami i ukochanymi Tatrami...

Jan Paweł II zaczął pisać testament już pół roku po rozpoczęciu pontyfikatu – w marcu 1979 r. Tekst uzupełniał siedmiokrotnie, zawsze w czasie rekolekcji wielkopostnych. Ostatni zapis nosi pochodzi z roku 2000. W tym niezwykłym, bardzo osobistym dokumencie papież z wdzięcznością wspomina rodziców, rodzeństwo, ludzi związanych z bliskimi mu miejscami: Wadowicami, szkołą podstawową, gimnazjum, uniwersytetem, fabryką, Niegowicią, kościołem św. Floriana... "Wszystkim im pragnę powiedzieć jedno: «Bóg Wam zapłać!»". Ten niezwykle prosty dokument kończą przywołane po łacinie słowa Chrystusa: "w ręce Twoje Panie oddaję ducha mego".

Ostatnią niedzielą w życiu papieża była Niedziela Wielkanocna 27 marca 2005. Tego dnia w południe chory Papież podszedł do okna swojego apartamentu, żeby z tego miejsca pozdrowić rzesze wiernych i turystów zgromadzone na Placu św. Piotra i udzielić tradycyjnego błogosławieństwa Urbi et Orbi (Miastu i światu). Nie był już jednak w stanie wypowiedzieć żadnego słowa, jedynie pobłogosławił wiernych.

Świadomość wzrastających ograniczeń fizycznych, niewątpliwie potęgowała cierpienie papieża. Na niespełna tydzień przed śmiercią wyznał swojemu otoczeniu: jeśli nie mogę być z ludźmi, jeśli nie mogę celebrować Mszy św. w tak wielkie święto jak Wielkanoc, jeśli nie mogę przemówić, to lepiej, żebym odszedł.

Jan Paweł II doskonale zdawał sobie sprawę z tego, że umiera. W ostatnim dniu chciał mieć dużo spokoju. Poprosił, aby mu czytać Ewangelię św. Jana a wieczorem zwrócił się do najbliższych, żeby odprawili przy jego łóżku Mszę św. i przyjął jeszcze parę kropel Eucharystii, po czym stopniowo tracił świadomość.

Papież zmarł 2 kwietnia 2005 r. w wieku 84 lat. Śmierć nastąpiła o 21. 37. Przy łożu Jana Pawła II umierającego w papieskich apartamentach byli jego najbliżsi współpracownicy m.in.: abp Stanisław Dziwisz osobisty sekretarz papieża, ks. prof. Tadeusz Styczeń, jego uczeń z KUL, ks. prałat Mieczysław Mokrzycki i opiekujące się Janem Pawłem II na co dzień siostry sercanki. Obecna była także dr Wanda Półtawska, którą z ks. Wojtyłą łączyła wieloletnia współpraca i przyjaźń.

Na dwa dni przed śmiercią Jan Paweł II zawierzył Kościół i świat Bożemu Miłosierdziu. W specjalnym telegramie z 31 marca 2005 na uroczystość Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach r., napisał m.in. "Pragnę ponownie zawierzyć tej Miłości Kościół i świat, wszystkich ludzi na całym okręgu ziemi, a także siebie samego w mojej słabości". Telegram został odczytany w sanktuarium nazajutrz po śmierci papieża, w niedzielę 3 kwietnia.

Pontyfikat 264. następcy św. Piotra trwał 26 lat 5 miesięcy i 16 dni i był trzecim co do długości w historii papiestwa – po św. Piotrze i Piusie IX. W audiencjach generalnych u Jana Pawła II uczestniczyło w sumie około 18 milionów osób.

Przejmujący opis ostatnich chwil Jana Pawła II przekazał kilka dni po jego śmierci obecny przy nim do końca ks. prof. Tadeusz Styczeń. "Byłem świadkiem, jak podnosił ręce (...) jak gdyby wołał pasterza, ponieważ ja chcę być do końca według miary mierzonej przez Ojca mojego. (...) ta twarz pojawiła się nieoczekiwanie jako twarz kogoś uśmiechniętego (...). Uśmiech, który jak gdyby nie konał, ale pozostawał żywy, coraz bardziej wymowny".

Zgodnie z tradycją towarzysząca pochówkom papieży, do trumny z ciałem Jana Pawła II włożono – zapieczętowany w specjalnej metalowej tubie – napisany po łacinie jego krótki życiorys. Początek tego dokumentu, zwanego "rogito", brzmi: „W świetle Chrystusa zmartwychwstałego, 2 kwietnia roku Pańskiego 2005, o godzinie 21:37 wieczorem, gdy sobota dobiegała kresu i weszliśmy już w Dzień Pański w Oktawie Wielkanocy i Niedzielę Bożego Miłosierdzia, umiłowany Pasterz Kościoła Jan Paweł II przeszedł z tego świata do Ojca. Jego odejściu towarzyszył modlitwą cały Kościół, zwłaszcza młodzież”.

Jan Paweł II, dzień przed śmiercią, pożegnał się ze swoim najbliższym otoczenie pisząc, z pomocą arcybiskupa Dziwisza, na niewielkiej karteczce: "Jestem radosny, wy także bądźcie. Módlmy się razem z radością. Wszystko powierzam Pannie Maryi".

„Gdy zaś nadejdzie chwila ostatecznego «przejścia», pozwól, abyśmy umieli ją powitać z pokojem w sercu, nie żałując niczego, co przyjdzie nam porzucić” – napisał Jan Paweł II w ułożonej przez siebie w 1999 r. modlitwie, zamieszczonej w „Liście do osób w podeszłym wieku”.