Wspólnota katolicka miasta już od wielu lat czyniła starania o odzyskanie obiektu o powierzchni 1360,5 m kw., powołując się na to, że jest to budynek do sprawowania kultu i jako taki winien zostać nieodpłatnie jej przekazany. Według członków wspólnoty to właśnie katolicka parafia św. Marii Magdaleny zbudowała niegdyś ten kościół i była jego prawnym użytkownikiem do czasu pozbawienia jej tych praw przez władze totalitarnego reżymu sowieckiego.

Sąd jednak stanął na stanowisku, że zwrot majątku organizacjom religijnym jest przewidziany jedynie w tm wypadku, gdy mienie to należało do nich, a następnie zostało im zabrane bezpośrednio przez państwo, tymczasem dana wspólnota religijna została zarejestrowana jako osoba prawna już po wejściu w życie ustawy "O wolności sumienia i organizacjach religijnych". Nie dowiodła również, że wcześniej zarządzała tym budynkiem. W tej sytuacji sędziowie odmówili zaspokojenia roszczeń powoda.

Dawny kościół św. Marii Magdaleny od 1988 służy jako sala koncertowa lwowskiego Budynku Muzyki Organowej i Kameralnej. Konflikt wokół niego trwa już od wielu lat. Ostatnio napięcie wzrosło w związku z przedłużeniem przez Radę Miasta umowy wynajmu obiektu jako wspomniane sali koncertowej na dalszych 20 lat.